06/04/2020
Il nodo italiano dell’infrastruttura europea per i dati biologici e la bioinformatica Elixir è al lavoro, fin dalle prime fasi dell’epidemia di Covid-19, per rendere disponibili e accessibili ai ricercatori italiani ed europei i servizi di calcolo e storage, i dati e gli strumenti bioinformatici utili alle analisi genomiche, trascrittomiche, proteomiche, filogenetiche emetabolomiche per lo studio del virus Sars-CoV-2.
A coordinare il nodo italiano 'Elixir-It', che ad oggi comprende 23 partner tra istituti di ricerca, università e istituzioni tecnologiche, è il Consiglio nazionale delle ricerche. La missione principale del nodo italiano è quella di sviluppare una infrastruttura italiana di bioinformatica (Iib) distribuita e posta al servizio della ricerca biologica e biomedica del Paese. Operativamente, questo si espleta in un coordinamento delle attività dei ricercatori italiani che operano nel campo della bioinformatica, volto a facilitare lo scambio e lo sviluppo di competenze. L’infrastruttura mette a sistema molte delle principali risorse bioinformatiche italiane, già riconosciute e apprezzate in ambito internazionale e contribuisce alla loro integrazione in seno all’infrastruttura europea. Infine, Elixir-It favorisce e persegue con appositi corsi la formazione di giovani bioinformatici, una figura professionale la cui domanda è in rapida crescita in ambito nazionale ed internazionale.
Il nodo italiano a sua volta fa parte, insieme ad altri 22 nodi nazionali e all’Istituto europeo per la bioinformatica (Embl-Ebi), dell’infrastruttura europea 'Elixir' che include gran parte delle organizzazioni di ricerca europee coinvolte nella gestione, condivisione e integrazione dei dati biologici generati dalla ricerca pubblica, il cui volume è in costante e importante crescita.
Elixir-It ha reso immediatamente disponibili ai ricercatori le proprie piattaforme e competenze per favorire i progetti volti allo studio dell’epidemiologia di Covid-19, alla diagnostica e alle terapie per combattere efficacemente Sars-CoV-2. La piattaforma, infatti, è impegnata nell’analisi comparata dei genomi virali isolati in Italia, nella loro classificazione e caratterizzazione al fine di ottenere una mappatura dettagliata dei contagi sul territorio, necessaria a stabilire le future strategie e le politiche di contenimento.
L’impegno dei ricercatori su questo fronte è fondamentale anche per la rapida identificazione di nuovi ceppi emergenti del virus, grazie all’individuazione e studio delle mutazioni nel genoma virale avvenute dall’inizio dell’epidemia ad oggi. I risultati di questi studi potranno essere utili per la selezione dei geni bersaglio terapeutici più promettenti per lo sviluppo di farmaci in grado di contrastare gli effetti del virus sui pazienti. Le ricerche attualmente in corso, oltre al Cnr coinvolgono un’ampia partnership nazionale e internazionale che comprende l’Istituto superiore di sanità, le università di Milano e di Bologna, e il Centro di supercalcolo e l’lstituto per la ricerca in biomedicina, entrambi con sede a Barcellona.
Un altro fronte su cui Elixir-It sta lavorando è lo sviluppo ulteriore, in ottica Sars-CoV-2, delle proprie piattaforme di Bioinformatica, anche on-demand (cloud based), che vengono messe a disposizione di tutti i ricercatori che ne facciano motivata richiesta. Queste piattaforme offrono un vasto portfolio di strumenti bioinformatici e chemoinformatici per l'analisi dei dati genomici di Sars-CoV-2 e lo studio di possibili bersagli terapeutici, inclusa la selezione (screening) o progettazione (design) di farmaci potenzialmente attivi contro il coronavirus. Il gruppo di lavoro impegnato in queste attività, oltre al Cnr, comprende l’Infn, le università di Milano, Salerno, Padova, Roma “Sapienza”, Bologna, Torino, l’Istituto superiore di sanità, il Cineca, l’Enea, il Crs4 e vede la collaborazione di aziende farmaceutiche nazionali come Dompè e numerosi centri di ricerca europei, quali gli Istituti Max Planck e Fraunhofer, il centro di supercalcolo di Barcellona, l’University college di Londra, e molti altri.
Le attività di Elixir-It verranno presto potenziate grazie al 'Pon infrastrutturale Cnr BiOmics', che metterà a disposizione ulteriori risorse di calcolo e storage e varie strumentazioni ad altissime prestazioni per la produzione di dati 'omici', come le più potenti piattaforme di sequenziamento massivo presenti sul mercato.
Per informazioni:
Francesca De Leo
Cnr - Istituto di biomembrane, bioenergetica e biotecnologie molecolari
Via Amendola 122 D/O
francesca.deleo@cnr.it
3928537451
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