Tra i funghi micromiceti agenti d'ammuffimento dei prodotti agro-alimentari ve ne sono alcuni appartenenti ai generi Aspergillus, Penicillium, Fusarium e Claviceps che sollevano giustificati timori per la salubrità degli alimenti perché sono capaci di produrre micotossine, sostanze responsabili di ricorrenti intossicazioni alimentari degli animali in produzione zootecnica e dell'uomo. Il carattere della tossigenicità è variamente distribuito tra le specie di uno stesso genere di funghi e, nell'ambito della stessa specie, è posseduto solo da alcuni ceppi che il più delle volte lo manifestano con un diverso profilo tossigenico. L'esatta valutazione di tale biodiversità, che è alla base di qualsiasi intervento di salvaguardia e protezione degli alimenti, ha reso necessario da un lato la costituzione di una micoteca specifica e, dall'altro lato, la ricerca di nuovi metodi diagnostici di tipo molecolare. La Collezione dell'ISPA è costituita da circa 5.000 colture tipo di funghi tossigeni d'interesse fitopatologico, micotossicologico e agro-alimentare, e riporta per ciascun ceppo l'indicazione dei metaboliti prodotti, con la relativa attività biologica. La collezione è stata riconosciuta da ECCO (European Culture Collection Organization) e da WFCC (World Federation for Culture Collection) e il relativo catalogo completo delle informazioni sull'origine e la tossigenicità dei ceppi è utilizzabile via Internet (http://www.ispa.cnr.it/Collection ). La stima del reale rischio micotossicologico di un prodotto contaminato da micromiceti richiede la disponibilità di metodi diagnostici per una rapida, semplice e oggettiva identificazione dei ceppi tossigeni. L'ampia disponibilità di genoma fungino ha reso possibile la messa a punto di marcatori molecolari e di primers specie/specifici per la diagnosi delle popolazioni fungine e della loro tossigenicità, e lo studio della variabilità di tutto il genoma fungino (AFLP) per osservazioni ancora più selettive. La disponibilità di tali sonde consente di identificare i ceppi tossigeni a partire dalle colture infette e poi lungo la filiera agro-alimentare, avendo così la possibilità di escogitare per tempo iniziative di prevenzione e di controllo. La costituzione della Collezione e la sintesi di sonde specie/specifiche si sono sviluppati e affinati nell'ambito delle numerose collaborazioni internazionali che sono culminate con il coordinamento da parte dell'ISPA del COST Action 835 (Agriculturally important toxigenic fungi - Eur-19220) a cui partecipano 24 Paesi e di un Progetto Europeo (Detox-Fungi - QLK1-CT-1999-01380) che è incluso in una EU Cluster Structure (Mycotoxin Prevention Cluster) che comprende altri 9 Progetti Europei in 7 dei quali partecipano Unità dell'ISPA. Queste nuove risorse di studio, oltre assicurare un ampliamento delle conoscenze micologiche di base, assicurano anche una più realistica prospettiva di applicazioni biotecnologiche. A questo riguardo merita ricordare il brevetto ISPA in via di pubblicazione sulla possibilità di distinguere con primers specie-specifici i ceppi con diverso profilo tossigeno di F. verticillioides, F. proliferatum e F. subglutinans, che rappresentano tre forme anamorfiche dell'unica specie Gibberella fujikuroi, un temibile agente di ammuffimento della spiga del mais.
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