I cambiamenti ambientali sono eventi ciclici nella storia del nostro pianeta. Ogni cambiamento presuppone fasi d'adattamento da parte degli organismi viventi, oppure la loro estinzione. Gli alberi forestali sono tra gli organismi più antichi tra quelli tuttora viventi e sono in molti casi gli ultimi rappresentanti di unità tassonomiche (famiglie, generi) già sottoposti a selezione e a parziale estinzione. La loro presenza e la loro distribuzione nei diversi paesaggi forestali è il risultato di dinamiche di popolazioni che gli alberi forestali hanno sperimentato nel corso degli ultimi millenni. Per comprendere quali siano stati i meccanismi alla base della loro storia evolutiva, e quali siano stati i processi evolutivi che ne determinano l'attuale diversità, è importante conoscere il recente passato del pianeta e i fattori storici che ne definiscono il presente.
Per capire la storia della vegetazione lo studio della palinologia, così come le testimonianze storiche e la conoscenza della storia geologica e climatica costituiscono uno strumento importante. Ma la disponibilità di dati pollinici è limitata a pochi taxa, in particolare a quelli che producono abbondante polline e sono caratterizzati da meccanismi d'impollinazione anemofila. La recente applicazione di marcatori molecolari in genetica degli alberi ha parzialmente risolto il problema sopraccitato.
L'analisi del DNA degli organelli (mitocondri e cloroplasti) ha consentito di acquisire importanti informazioni sulla filogeografia* di specie vegetali, in particolare di quelle arboree. Il DNA dei cloroplasti e dei mitocondri è un genoma generalmente di tipo aploide, perché viene trasmesso per via uniparentale alla progenie: i mitocondri vengono generalmente trasmessi per via materna in tutti gli organismi vegetali e animali. I cloroplasti hanno invece una diversa modalità di trasmissione: nelle gimnosperme sono generalmente trasmessi via polline, mentre nelle angiosperme la trasmissione avviene principalmente via seme. Nei casi in cui il genoma è ereditato per via materna, il sistema di dispersione dei semi influenza in modo decisivo la struttura della diversità genetica in una popolazione.
L'evoluzione del paesaggio forestale è determinata non solo dagli eventi ambientali e dalle caratteristiche biologiche delle singole specie che compongono le formazioni forestali, ma anche dall'azione antropica sul paesaggio stesso.
Nell'ambito del progetto europeo CYTOFOR (Measuring molecular differentiation of European deciduous forests for conservation and management, FAIR5 - CT97 - 3795) sono state studiate 22 specie di angiosperme arboree e arbustive analizzando il DNA cloroplastico e, ove possibile, ottenendo informazioni dalle mappe polliniche. Questo approccio metodologico ha consentito di descrivere la distribuzione della diversità genetica e di evidenziare i principali fattori, biologici, ambientali e antropici, che la hanno determinata.
Il campionamento è stato condotto in 25 foreste europee, parchi o aree naturali, in cui erano presenti tutte o la maggior parte delle specie in esame, e in cui fosse documentata un'origine autoctona. L'aspetto innovativo di questo studio è stato quello di descrivere la diversità e la divergenza genetica non solo a livello di singola specie, ma a livello d'intera foresta (approccio multi-specie).
Per confrontare le foreste tra loro sono stati calcolati il numero medio di aplotipi e la diversità genetica entro popolazione, mediando i valori di ciascuna spe
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