IGAB Servizio di preparazioni e sequenziamento di librerie chip-seq su campioni di spermatozi, fibroblasti e fibroblasti modificati per l'espressione di protammine in ovino . Analisi epigenetiche di blastocisti ovine. (DBA.AD002.486)

Thematic area

Biology, agriculture and food sciences

Project area

Structure responsible for the research project

Institute of agricultural biology and biotechnology (IBBA)

Project manager

EMANUELE CAPRA
Phone number: 03714662506
Email: emanuele.capra@cnr.it

Abstract

IGAB propone un servizio di preparazione e sequenziamento di librerie chip-seq utilizzando un' arricchimento in presenza di specifici anticorpi (H3-trymethyl-Lys4 e H3-Acethyl-Lys9) per valutare la presenza di zone genomiche correlate ad una metilazione o acetilazione della proteina istonica H3 in diversi tipi cellulari (fibroblasti, cellule protamminizzate e spermatozoi) ovini. In particolare, si vogliono ottenere informazioni riguardanti la riprogrammazione delle cellule protamminizzate ottenute dall'espressione della protammina in fibroblasti e che dopo espressione di quest'ultima mostrano una cromatina compatta e una struttura cellulare simile a quello dello spermatozoo. Il progetto quindi tramite mappatura valuterà le alterazione della cromatina in queste tre diverse popolazioni cellulari. Infine verranno sviluppati dei protocolli per la caratterizzazione di blastociste ovine

Goals

- Sviluppo di protocolli chip-seq in spermatozoo ovino
- Ottenimento di librerie chip-seq e successivo sequenziamento
- Sviluppo pipeline bioinformatica per analisi dati chip-seq
- Determinazione di zone genomiche che subiscono variazione nell'istone H3 (metilazione e/o acetilazione specifica)
- Confronto di tali variazioni in diverse popolazioni cellulari (fibroblasti, cellule protamminizzate e spermatozoi)
- Sviluppo di protocolli low input in blastociste
- Caratterizzazione epigenetica blastociste

Start date of activity

19/11/2022

Keywords

sequenziamento, epigenetica, ovini

Last update: 27/04/2024