MICRO BI ALIENI - MONITORAGGIO DI BIOINOCULI E ANALISI DEGLI EFFETTI SULLE SPECIE ENDEMICHE (DBA.AD002.421)

Thematic area

Biology, agriculture and food sciences

Project area

Structure responsible for the research project

Institute for Biological Systems (ISB)

Project manager

FLAVIA PINZARI
Phone number: 0690672900
Email: flavia.pinzari@cnr.it

Abstract

Il progetto si basa su prove di campo in cui una coltura di pomodoro (Solanum lycopersicum) viene trattata con un bioinoculo fungino (Trichoderma atroviride) con proprietà biostimolanti e fertilizzanti. Lo studio del suolo rizosferico si basa su tecniche di metagenomica, le bacche di pomodoro sono sottoposte ad analisi di espressione genica differenziale. Il progetto utilizza per la parte di sequenziamento del DNA e dell'RNA il MinION, una strumentazione innovativa ad alta portabilità, sviluppata dalla società britannica Oxford Nanopore Technologies (ONT). Il principio scientifico su cui si basa il prodotto è lo stesso che dà il nome all'azienda, ovvero l'uso di nanopori (nanostrutture organiche che permettono di riconoscere le basi che formano le sequenze del DNA). Al fine di valutare gli effetti del fungo sullo sviluppo della pianta e sulla produzione, sarà anche condotta l'analisi delle bacche di pomodoro tramite diverse tecniche di spettroscopia NMR per ottenere informazioni sul contenuto d'acqua, la composizione di alcuni nutrienti e il contenuto di metaboliti più abbondanti (zuccheri, amino acidi liberi, acidi organici, nucleosidi, acidi grassi, fosfolipidi, steroli).

Goals

I microrganismi sono sempre più utilizzati nell'agricoltura moderna con vantaggi significativi sulle produzioni e sulla sostenibilità del sistema agricolo. In questo progetto si vuole mettere a punto un protocollo basato su sistemi di sequenziamento del DNA di terza generazione (Oxford Nanopore Technology, ONT) per il tracciamento, la quantificazione ed il monitoraggio nel suolo di bioinoculi ad azione benefica. Sarà usato un sequenziatore di DNA portatile MinION per valutare la persistenza in suoli agrari di un fungo introdotto e gli effetti sulle comunità batteriche e fungine endemiche del suolo. Sempre per mezzo della tecnologia ONT, saranno valutati gli effetti del bioinoculo sulla espressione genica di una coltura modello (pomodoro da industria). In questo progetto ci proponiamo anche di promuovere l'innovazione nel campo dei bioinoculanti del suolo, attraverso il trasferimento di tecnologie competitive. Il progetto utilizzerà una tecnologia di sequenziamento che permette di ottenere lunghi frammenti di DNA, particolarmente idonea a rintracciare e quantificare singole specie di funghi o di altri organismi in campioni complessi.

Start date of activity

15/04/2021

Keywords

monitoraggio, binoculi, specie endemiche

Last update: 19/04/2024