Progetto di ricerca

LISPA 2020 - NEWPAT - Analisi genetica del DNA fetale circolante nel sangue materno: sviluppo di un test di paternità non invasivo ad elevata specificità (DSB.AD005.111)

Area tematica

Scienze biomediche

Area progettuale

Genetica (DSB.AD005)

Struttura responsabile del progetto di ricerca

Istituto di biologia e patologia molecolari (IBPM)

Responsabile di progetto

EUGENIA DATANASIO
Telefono: 0649933873
E-mail: eugenia.datanasio@uniroma1.it

Abstract

La scoperta di piccole quantità di DNA fetale "cell-free" (cffDNA) circolante nel sangue materno ha permesso test non invasivi in genetica prenatale. Recentemente, l'analisi del cffDNA è stata estesa ai test di paternità prenatale (NIPAT, non-invasive prenatal paternity test). I kit disponibili per il NIPAT si basano sulla tecnica di sequenziamento di nuova generazione (NGS), che permette di analizzare un elevato numero di marcatori a singolo nucleotide per individuare il contributo paterno nel cffDNA. Tuttavia, l'efficacia dei NIPAT è limitata da due fattori: 1) la frazione di DNA fetale nel DNA circolante può essere inferiore all'1%, rendendo il contributo paterno troppo esiguo; 2) la tecnica NGS ha un tasso d'errore tra lo 0,2% e 1%. In questo progetto sfruttiamo un'idea innovativa per sviluppare un NIPAT basato su una nuova classe di marcatori, chiamati DNP (double nucleotide polymorphisms), in cui la variabilità interessa due nucleotidi consecutivi. Poiché il tasso di errore NGS per ogni nucleotide è indipendente, l'errore di attribuzione allelica del DNP sarà ridotto di due ordini di grandezza, riducendo la percentuale di test non conclusivi ed aumentandone l'affidabilità.

Obiettivi

L'obiettivo del progetto è quello di produrre un prototipo per test di paternità prenatale molto più sensibile di quelli presenti sul mercato e che sia in grado di fornire dei risultati conclusivi sulla paternità anche in presenza di concentrazioni molto basse di DNA fetale nel sangue materno. Riteniamo di poter ottenere questo risultato utilizzando una nuova classe di marcatori genetici, chiamati DNP, la cui analisi dovrebbe essere caratterizzata, su base teorica, da un tasso di errore molto più basso (0,01% vs. 1%) rispetto a quello dei marcatori oggi in uso (SNPs, ingle nucleotide polymorphisms).

Data inizio attività

27/07/2021

Parole chiave

non-invasive prenatal paternity test, DNA fetale circolante, NGS

Ultimo aggiornamento: 28/03/2024