PRIN 2017 - cod progetto 2017483NH8_005 - LS2 - Dott.ssa MOREA - Titolo: "Protein bioinformatics for human health" (DSB.AD008.540)

Thematic area

Biomedical sciences

Project area

Structure responsible for the research project

Institute of molecular biology and pathology (IBPM)

Project manager

VERONICA MOREA
Phone number: 0649910556
Email: veronica.morea@cnr.it

Abstract

Lastruttura 3D e la funzione di proteine evoluzionisticamente correlate dipendono da un numero limitato di residui chiamati key-residues.Laconoscenza di tali residui è la base razionale necessaria per le principali applicazioni dellabioinformatica strutturale, quali:i) la progettazione di proteine con proprietà modificate; ii) lacostruzione di modelli di strutture 3D di proteine e la valutazione dell'accuratezza di talimodelli;iii) l'assegnazione di funzione a proteine;iv) la comprensione di meccanismibiologici a livello molecolare;v) l'individuazione di relazioni evoluzionistiche. Nonostante laloro estrema importanza, ikey-residuessono finora noti solamente per un numero limitatodi famiglie proteiche, in quanto la loro identificazione richiedeconoscenze molto specializzate e tempi lunghi
Nel presente progetto di ricerca ci proponiamo di sviluppare una procedura computazionale in grado di rendere automatici, e quindi generalmente applicabili, alcuni passaggi essenziali per l'identificazione dei key-residues.

Goals

Al fine di sviluppare una procedura computazionale in grado effettuare automaticamente alcuni passaggi essenziali per l'identificazione dei key-residues, ci proponiamo di raggiungere i seguenti obiettivi:
(1) Ricerca in letteratura delle famiglie di domini proteici per i quali siano stati precedentemente prodotti allineamenti strutturali accurati ed identificati i key-residues, da utilizzare come controlli positivi.
(2) Raccolta e classificazione dei metodi di allineamento strutturale disponibili tramite internet.
(3) Valutazione comparativa degli allineamenti prodotti dai metodi automatici raccolti al punto (2) in base: i) al consensustra di loro, e ii) alla loro capacità di riprodurre gli allineamenti strutturali accurati identificati al punto (1).
(4) Sviluppo di una procedura automatica per analizzare le proprietà delle posizioni presenti nelle regioni strutturalmente conservate dell'allineamento multiplo, quali: conservazione del tipo di residuo, conservazione di proprietà strutturali, conservazione di proprietà funzionali.
(5) Individuazione dei key-residues in base alle proprietà determinate al punto (5) e confronto con quelli identificati al punto (1).

Start date of activity

17/09/2019

Keywords

Proteine, Struttura tridimensionale, Bioinformatica

Last update: 03/08/2025