CENB (Co-expression network browser)
Institute
Institute for Genetic and Biomedical Research (IRGB)
Referent
Paola Forabosco
Email: paola.forabosco@cnr.it
Description
We-server per interrogare la rete di coespressione generata a partire da dati RNA-seq di globuli bianchi (WBC) di 624 volontari SardiNIA. Si basa su quattro diversi strumenti che consentono di esplorare le reti ed estrarre informazioni rilevanti sulle complesse interrelazioni identificate nella nostra analisi. Tool 1 consente di identificare i geni più vicini (cioè i geni con la più alta adiacenza). Tool 2 permette di verificare se un insieme di geni (ad esempio geni associati tramite un GWAS a uno specifico tratto o malattia) è arricchito in uno o più moduli. Tool 3 consente di investigare una specifica regione genomica (ad esempio una regione identificata tramite un GWAS). Tool 4 permette di visualizzare in che misura un gene si conforma al pattern di espressione caratteristico dei moduli della rete.
Web address
Access mode
sito internet libero accesso
Data tipology
Statistiche di co-espressione genica
Database type
Shiny R app