Algoritmi per analisi di dati RNA-seq (DIT.AD021.081)

Area tematica

Ingegneria, ICT e tecnologie per l'energia e i trasporti

Area progettuale

Struttura responsabile del progetto di ricerca

Istituto di informatica e telematica (IIT)

Responsabile di progetto

FILIPPO GERACI
Telefono: 0503152413
E-mail: filippo.geraci@iit.cnr.it

Abstract

Le tecnologie di RNA-seq rappresentano un importante passo avanti nello studio dell'espressione genica. In particolare questa tecnologia consente di misurare l'intero insieme dei trascritti di una cellula in una determinata condizione sperimentale. Tra le opportunita' principali offerte da questa tecnologia c'e la possibilita' di modificare il paradigma di ricerca in genomica passando da ricerche focalizzate ad un modello esplorativo su larga scala. Inoltre i dati di RNA-seq si prestano ad essere riutilizzati in altri contesti. La produzione di larghe quantita' di dati provenienti da laboratori ed esperimenti diversi, pero', pongono importanti problemi di natura algoritmica inerenti sia la normalizzazione che analisi.
L'obiettivo del progetto e' quello di studiare le fasi del processo di RNA-seq: dalla produzione e validazione dei dati fino all'analisi e l'estrazione di nuova conoscenza, mettendo in evidenza le debolezze e le opportunita' proponendo nuovi approcci algoritmici. In particolare si studieranno: le tecniche di data preprocessing e normalizzazione, gli algoritmi per l'analisi differenziale ed i metodi per la creazione di pannelli specifici di biomarcatori.

Data inizio attività

01/12/2018

Parole chiave

RNA-seq, RNAlgo

Ultimo aggiornamento: 30/04/2025