21/04/2020
L’Istituto per l’endocrinologia e l’oncologia sperimentale del Cnr e l’Università Federico II di Napoli hanno iniziato a collaborare con un gruppo scientifico internazionale, di cui fanno parte istituti di ricerca russi, finlandesi e canadesi, che ha ottenuto accesso prioritario al super-computer russo RSC Tornado per lo studio di nuove strategie per combattere l’infezione da COVID-19 nell’ambito di un progetto chiamato 'The Good Hope Net'.
Il gruppo di ricerca internazionale utilizza un sistema cluster recentemente aggiornato, basato su processori scalabili Intel® Xeon® di seconda generazione sviluppati dal gruppo RSC, il principale produttore russo di computer ad elevate prestazioni. L’utilizzo del super-computer, aiuterà a completare tutte le fasi della ricerca entro un periodo di tempo limitato. Questo progetto internazionale mira allo sviluppo di strumenti diagnostici e terapeutici innovativi per combattere la pandemia globale da coronavirus SARS-Cov-2.
ll team, distribuito geograficamente in varie parti del mondo, include virologi, biologi, medici, chimici, matematici e fisici con competenze, conoscenze, capacità e risorse diverse, incentrate allo studio del ciclo vitale del virus, per bersagliare e neutralizzare in maniera specifica le proteine virali.In particolare, il super-computer russo è in grado di attuare metodi sofisticati di simulazione per studiare tutti i dettagli dell’interazione fra la proteina 'Spike' sulla superficie del Coronavirus e la proteina ACE2 che si sa essere il punto d’ingresso dei coronavirus SARS-Cov e SARS-Cov-2 sulle cellule umane.
Il team mira ad identificare, attraverso l’uso del super-computer e sistemi di calcolo matematico, aptameri a DNA in grado di legare e bloccare l’ingresso del virus nelle cellule. Le molecole identificate saranno rese più efficienti attraverso lo studio delle forze di legame tra il virus e l’aptamero. Successivamente, si passerà alla fase di verifica delle interazioni e degli effetti biologici in vitro ed in vivo. Il progetto è coordinato dalla prof.ssa Anna Kichkailo, responsabile del Laboratorio di 'teranostica e sviluppo di farmaci digitalmente controllati” presso il Centro scientifico federale dell’Accademia russa delle scienze.
Questa la composizione del team internazionale:
Laboratorio di teranostica e sviluppo di farmaci digitalmente controllati e Laboratorio di fisica dei fenomeni magnetici, Istituto di fisica Kirensky presso il Centro scientifico federale, agenzia siberiana dell’Accademia russa delle scienze (KIP FSC SB RAS, Krasnoyarsk, Russia)
Laboratorio di tecnologia biomolecolare e medica, Università statale di medicina V.F. Voyno-Yasenetsky Krasnoyarsk (KSMU, Krasnoyarsk, Russia) – coordinatore del progetto
Laboratorio di cibernetica chimica, Dipartimento di chimica dell’Università statale di Mosca Lomonosov (MSU, Mosca, Russia)
Laboratorio di simulazione computerizzata di sistemi biomolecolari e nanomateriali presso l’Istituto di fisica biochimica N. M. Emanuel, Accademia russa delle scienze (IBP RAS, Mosca, Russia)
Laboratorio di sintesi organica, Istituto di biologia chimica e scienze mediche fondamentali, Agenzia siberiana dell’Accademia russa delle scienze (ICBFM SB RAS, Novosibirsk, Russia)
Istituto per l’endocrinologia e l’oncologia sperimentale 'G. Salvatore' del Consiglio nazionale delle ricerche (Cnr-Ieos, Napoli, Italia): Silvia Catuogno, Carla Lucia Esposito, Cristina Quintavalle, Giuseppina Roscigno, con la consulenza esterna di Vittorio de Franciscis
Dipartimento di medicina molecolare e biotecnologie mediche e Dipartimento di farmacia, Scuola di medicina e chirurgia presso l’Università degli Studi di Napoli Federico II (Napoli, Italia): Gerolama Condorelli, Giorgia Oliviero, Nicola Borbone
Centro per le nanoscienze e Dipartimento di chimica, Università di Jyväskylä, (Jyväskylä , Finlandia)
Dipartimento di chimica e scienze biomolecolari, Università di Ottawa (Ottawa, Canada)
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