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Identificazione di geni-malattia mediante genotipizzazione ad alta densità di popolazioni

Negli ultimi due anni grazie al completamento della raccolta dei campioni di 10 paesi e al conseguente ampliamento del database è stato possibile ottenere molti risultati importanti sia dal punto di vista di epidemiologia clinica sia dal punto di vista della genetica dei tratti complessi, ormai da più di 10 anni oggetto degli studi di questo Istituto. Il database contiene attualmente i dati genealogici, epidemiologici, genetici e ambientali della popolazione di 10 paesi dell'Ogliastra, per un totale di oltre 14.000 individui. Sono stati analizzati dal punto di vista epidemiologico e genetico i dati relativi alle patologie che presentano una più elevata prevalenza nei diversi paesi. Gli abitanti del paese di Talana e una selezione di soggetti provenienti dagli altri paesi partecipanti allo studio, sono stati genotipizzati con chip ad alta densità (Genome-Wide Human SNP Array 500K) per un totale di circa 1200 individui. Sulla base di questi dati è stato possibile avviare una serie di analisi di linkage e/o associazione per diverse patologie e tratti quantitativi.
In particolare è stato fatto un notevole sforzo sul campo per meglio definire i fenotipi clinici relativi a diverse patologie. Si è rivolto un notevole interesse per esempio allo stile di vita dei soggetti partecipanti allo studio con indagini mirate alla rilevazione delle loro abitudini alimentari ed è stata condotta l'analisi dei dati epidemiologici relativi all'obesità infantile che ha permesso di avere un quadro della diffusione di tale patologia tra i soggetti più giovani nei paesi di Perdasdefogu, Talana ed Urzulei. L'indagine è stata estesa ora ad altri paesi dell'Ogliastra. Il campione raccolto è costituito da 1122 individui tra bambini e adolescenti di età < 19 anni. Inoltre è stato portato avanti uno studio, tuttora in corso, incentrato su una patologia di sempre maggior interesse, la sindrome metabolica. Questa condizione patologica è caratterizzata dalla presenza simultanea nello stesso paziente di diversi disordini metabolici e la sua diagnosi avviene tramite la rilevazione di una serie di misure cliniche quali: circonferenza del giro vita, trigliceridi, colesterolo HDL, pressione sanguigna e glicemia a digiuno. La presenza di alterazioni in almeno 3 di queste 5 misure costituisce una diagnosi di sindrome metabolica. Ma mentre l'obesità è determinata in maniera chiara da una soglia ponderale che facilita la sua classificazione, questo non è altrettanto vero per l'ipertensione che ha bisogno di una diagnosi differenziale e di un monitoraggio costante dei pazienti. Abbiamo quindi svolto una intensa attività sul territorio eseguendo sugli individui già classificati come ipertesi ulteriori esami laboratoristici e strumentali al fine di definire meglio il fenotipo o particolari sub-fenotipi per ottimizzare le basi dei nostri studi genetici.
Tali studi hanno l'obiettivo di valutare sia le frequenze alleliche di alcune varianti geniche note in letteratura che da noi identificate nella nostra popolazione sia della loro associazione con i tratti clinici di interesse. Infatti i costi della genotipizzazione genome wide sono oggi ancora estremamente elevati e non è possibile estendere questo tipo di analisi all'intera popolazione oggetto di studio. Sulla base dei risultati ottenuti è però possibile selezionare un numero limitato di marcatori genetici con costi decisamente più abbordabili. La validazione di associazione di varianti geniche con l'obesità o l'ipertensione ci permetterà di modellare gli studi successivi rivolti al gene o ai geni che si vogliono studiare analizzando altri parametri, quali quelli biochimici, che in qualche modo possano consentire un approccio più funzionale e causativo per i tratti di nostro interesse.