Il Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR) è Ente pubblico nazionale con il compito di svolgere, promuovere, diffondere, trasferire e valorizzare attività di ricerca nei principali settori di sviluppo delle conoscenze e delle loro applicazioni per lo sviluppo scientifico, tecnologico, economico e sociale del Paese. Un obiettivo che l'Ente vuole perseguire, dopo la riforma attuata con il decreto legislativo N.127 del 4 giugno 2003, alla luce di una missione ambiziosa: rappresentare una risorsa da valorizzare per lo sviluppo socio - economico del Paese. Alla base, il convincimento che l'attività di ricerca e sviluppo, determinante per la competitività del sistema economico nazionale, possa generare nuova occupazione, maggior benessere e maggiore coesione sociale.

Nel nuovo modello progettato per il CNR, la necessità di contemperare la salvaguardia di spazi per la ricerca spontanea a tema libero, si incontra con l'esigenza di definire obiettivi concordati e credibili, e di perseguirli in modo strutturato, come avviene da tempo nei principali paesi industrializzati, "cucendo" fra loro gli apporti delle varie unità di ricerca e limitando i danni della dispersione territoriale.
E' questa l'organizzazione a commesse, dove il committente dell'attività di ricerca è rappresentato dagli undici Dipartimenti - Terra e Ambiente; Energia e Trasporti; Agricoltura e Alimentazione; Medicina; Scienze della Vita, Progettazione Molecolare, Materiali e Dispositivi, Sistemi di Manifattura avanzati; Tecnologie dell'Informazione e della Comunicazione; Identità culturale; Patrimonio Culturale - che definiscono i progetti, sulla base dei bisogni potenziali di ricerca, e li varano attraverso veri e propri bandi, rivolti agli Istituti. Questi ultimi rappresentano le strutture che svolgono la ricerca e si caratterizzano per le competenze, le attrezzature sperimentali, l'eccellenza dei ricercatori.
La struttura complessiva risultante è la cosiddetta "struttura a matrice", dove i programmi e le competenze sono distinti e incrociati fra loro. In particolare, la struttura a matrice del CNR vede 85 macro - progetti e circa 650 commesse.
Quanto alla distribuzione territoriale, il CNR è presente in tutta Italia attraverso una rete di istituti, al fine di favorire una diffusione capillare delle proprie competenze su tutto il territorio nazionale ed agevolare i contatti e le collaborazioni con enti e industrie locali.