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Progetto INT.P02
Bioinformatica

Contesto

Il quadro delle ricerche in ambito internazionale
Nel quadro delle ricerche in ambito Internazionale sono state attuate intese con i Paesi quali il Canada, USA, Cina, India. Queste iniziative si propogono di utilizzare alcune metodologie di ICT per lo studio delle applicazioni della Bioinformatica e della System Biology ai settore della biologia dei sistemi complessi applicati alla medicina. In ambito UE, nel triennio 2008-2010, diventerà attiva la Joint Technology Initiative sugli embedded systems denominata Artemis, alla quale il progetto si propone di partecipare. Il progetto è attivo nello sviluppo di piattaforme per il calcolo avanzato finalizzata all’esecuzione di ricerche ad elevato costo computazionale basata sul GRID Computing. In questo ambito i ricercatori partecipanti al progetto sono attivamente coinvolti nella partecipazione di diversi progetti europei. Nell’ambito delle diverse tematiche illustrate si riscontra una intensa attività di partecipazione a progetti nazionali e internazionali, fra i quali si menzionano:GALEN (analisi semantica e terminology servers), IREP (rappresentazione di protocolli), TOMELO (sinergia tra information models, terminology models, health records), C-CARE (continuità delle cure basata su sintesi strutturata di cartelle cliniche), WIDENET (promozione della cartella clinica elettronica), e-Health ERA (rilevazione, confronto e sistematizzazione di roadmaps su sanità elettronica, con i 25 Ministeri della Salute europei), RIDE (interoperabilità semantica, con diverse iniziative a livello Nazionale e Regionale), SYMBIOMATICS e ELIXIR finalizzati alla costruzione di una infrastruttura per Bioinformatica europea, BioinfoGRID (coord. Europeo per l'applicazione della Bioinformatica al GRID), EGEE (E-science GRID),ORIEL (applicazioni pe la ricerca nella letteratura scientifica),INTAS.

Il quadro delle ricerche in ambito nazionale:
I partecipanti del progetto Interdipartimentale di Bioinformatica, hanno contributo alla nascita di società scientifiche quali (BITS: Società Italiana di Bioinformatica e SYSBIOHEATH: System Biology for Health. Il progetto è particolarmente attivo nell’ambito degli studi di associazione finalizzata all’analisi di popolazione e agli studi su animali e piante. In particolare sono in fase di sviluppo programmi che richiedono calcolo intensivo per lo studio di associazione con programmi di analisi genomica. Questi sistemi saranno di supporto a progetti inerenti l’analisi genetica di popolazioni isolate. In questo ambito sono attivi diversi progetti nazionali con numerosi ricercatori da tempo coinvolti nella raccolta di dati di popolazioni isolate (Sardegna, Calabria, Cilento). All’interno del Progetto Bioinfomatica saranno ulteriormente incentivate le competenze per affrontare l’analisi statistica relativa all’identificazione, sulla base di tratti quantitativi, di geni collegabili a patologie di interesse medico in popolazioni isolate. Nell’ambito del progetto Bioinformatica ci si propone di estendere la collaborazione del CNR con altre iniziative promosse dal MIUR sia nell’ambito dei progetti FIRB (LITBIO, LIBI, ITALBIONET) che da quelli FAR recentemente approvati al fine di realizzare una sinergia fra questi progetti. In particolare, tale piattaforma consentirà l’analisi dei geni, delle regioni promotrici, dell’espressione genica, degli EST, degli Single Nucleotide Polymorphisms SNP, della ricerca di mutazione, nonché lo studio delle reti metaboliche. Le tecniche di Machine Learning più diffuse, quali le reti neurali o le Support Vector Machine (SVM), hanno permesso di affrontare con successo problemi di rilevante interesse nel settore della Bioinformatica, quali la diagnosi automatica di patologie, il riconoscimento di segnali rilevanti nelle sequenze genomiche, la classificazione di profili di espressione genica.

Il posizionamento del CNR
Il CNR ha svolto una funzione importante nel promuovere contatti e progetti di ricercha in ambito Internazionale. In particolare sono state attuati collaborazioni con diveri paersi europei nell'ambito di innumerevoli progetti Europei, e per la promozione di progetti congiunti con i Paesi quali il Canada, USA, Cina, India e Russia, attraverso la definizione di specifici programmi di cooperazione per la promozione di laboratori congiunti. Queste iniziative hanno lo scopo di costituire per il CNR una reale opportunità di crescita delle conoscenze. In questo ambito è stato attivato l’accordo con il Canada il CNR ha promosso un progetto congiunto dei progetti di internazionalizzazione Italia-Canada promossi dal MUR. Il CNR inoltre ha partecipato come membro italiano al Governing Board dell’International Neuroinformatics Coordination Facility (INCF), un organismo internazionale nato in ambito OCSE e oggi attivo con sede a Stoccolma. Recentemente il CNR ha promosso le rete Bioinformatica Italiana (ITALBIONET) particolarmente indirizzata alla System Biology e Neuroinformatica ed Informatica Medica. Infine il ruolo del CNR è stato particlarmente importante per la partecipazione nell'organizzazione di diverse scuole estive internazionali e per la partecipazione a progetti europei per la promozione di standard nelle Biobanche (BBMRI) e nella e-HEALTH.

 
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