Consiglio Nazionale delle Ricerche

Tipo di prodottoArticolo in rivista
TitoloHamming-Clustering method for signal prediction in 5' and 3' regions of eukaryotic genes
Anno di pubblicazione1996
FormatoCartaceo
Autore/iL. Milanesi, M. Muselli, P. Arrigo
Affiliazioni autoriL. Milanesi: CNR-ITB, Milano, Italy M. Muselli: CNR-IEIIT, Genova, Italy P. Arrigo: CNR-ISMAC, Genova, Italy
Autori CNR e affiliazioni
  • PATRIZIO ARRIGO
  • LUCIANO MILANESI
  • MARCO MUSELLI
Lingua/e
  • inglese
AbstractGene expression is regulated by different kinds of short nucleotide domains. These features can either activate or terminate the transcription process or can regulate the speed of the chemical reactions involved in this event. In order to predict the signal sites in the 5' and 3' gene regions we have applied the Hamming-Clustering network (HC) to the TATA-box, to transcription initiation site and to the poly(A) signal. The HC is a new model of Artificial Neural Network (ANN) specially designed for working with binary data. More then 1000 Poly-A signals have been extracted from EMBL database rel. 42 and used to build the training and the test set. A full set of the Eukaryotic genes (1252 entry) from the Eukaryotic Promoter Database (EPD rel. 42) have been used for the TATA-box signal and transcription initiation site training. A set of eukaryotic plant genes have been used to test the validity of the Hamming-Clustering network approach.
Lingua abstractinglese
Altro abstract-
Lingua altro abstract-
Pagine da399
Pagine a404
Pagine totali-
RivistaComputer applications in the biosciences (Print)
Attiva dal 1985 al 1997
Editore: Oxford University Press - Oxford
Paese di pubblicazione: Regno Unito
Lingua: inglese
ISSN: 0266-7061
Titolo chiave: Computer applications in the biosciences (Print)
Titolo proprio: Computer applications in the biosciences. (Print)
Titolo abbreviato: Comput. appl. biosci. (Print)
Titolo alternativo: CABIOS (Print)
Numero volume della rivista12
Fascicolo della rivista5
DOI-
Verificato da refereeSì: Internazionale
Stato della pubblicazione-
Indicizzazione (in banche dati controllate)
  • Scopus (Codice:2-s2.0-0030479051)
  • PubMed (Codice:8996788)
  • ISI Web of Science (WOS) (Codice:A1996WA43400007)
Parole chiavegene structure prediction, neural network, poly(A), TATA-box
Link (URL, URI)-
Titolo parallelo-
Data di accettazione-
Note/Altre informazioni-
Strutture CNR
  • IEIIT — Istituto di elettronica e di ingegneria dell'informazione e delle telecomunicazioni
  • ITB — Istituto di tecnologie biomediche
Moduli CNR
    Progetti Europei-
    Allegati
    • Hamming-Clustering method for signal prediction in 5' and 3' regions of eukaryotic genes