Consiglio Nazionale delle Ricerche

SAVERIO VICARIO

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Saverio Vicario é un ricercatore del CNR, a Bari dal 2006 e con contratto a tempo indeterminato dal 2011, precedentemente presso CNR-ITB, attualmente presso CNR-IIA. Laurea in Zoologia presso l'Università degli stud di Roma "TorVergata" e Dottorato in evoluzione ed ecologia presso la Yale University (CT, USA) con tesi sull'uso comparato dei codoni nell'insieme dei geni codificanti di 12 specie di Drosophila. Il suo lavoro di ricerca ha prodotto articoli peer reviewed con argomento sistematica molecolare, evoluzione del genoma, biodiversità e infrastrutture di calcolo per lo studio della biodiversità. Più recentemente l'interesse si è spostato sulla entropia filogenetica (misura correlata all'indice di entropia Shannon-Weaver) e alla possibilità di correlare la struttura filogenetica delle comunità con variabili ambientali inserendo il problema nel quadro risolutivo/inferenziale proposto dalla Teoria dell'Informazione. Il lavoro sulle infrastrutture informative e di calcolo per la biodiversità si è svolto da un punto di vista tecnico nell'ambito del progetto FP7 BioVeL, mentre da un punto di vista di coordinamento delle comunità di utenti e definizioni degli standard nel progetto Fp7 Creative-B. Il lavoro di interscambio di e accesso ad algoritmi e software del progetto BioVeL ha esplorato l'uso di motori di processi ("workflow engine"), di accesso al calcolo mediante web services e di condivisione dei codici sorgenti (usando IPython, myExperiment e RStudio). Da un punto di vista più strettamente biologico il lavoro si è caratterizzato dallo studio dell'evoluzione del genoma nucleare e mitocondriale nelle regioni codificanti proteine rispetto all'uso dei codoni e al rapporto tra mutazioni sinonime e non sinomime. Questo studio è stato applicato in particolare a stabilire le traiettorie evolutive nel genoma mitocondriale. E' stato parte dello sforzo italiano per la costruzione dell'infrastruttura di ricerca LifeWatch ed è membro della SIBE ( società italiana di biologia evoluzionistica) e della BITS (Società Italiana di Bioinformatica)

Aree di interesse:

Bioinformatica: Entropia filogenetica Principi e pratica della selezione e della stima della adeguatezza di modelli statistici in un approccio di verosimiglianza bayesiana e frequentista. metodi filogenetic, distanze tra alberi filogenetici, diversità filogenetica.
Stima di parametri di evoluzione molecolare come dS/dN, tassi di sostituzione, tempi di divergenza assoluti e relativi.
Evoluzione Molecolare: Analisi dell'uso dei Codoni Evoluzione del genoma mitocondriale


Identificatori Internazionali

Scopus Author ID: 6602779982
WoS Researcher ID: C-4427-2015
Research Gate: Saverio_Vicario

Prodotti della ricerca

Bruno, Antonia; Sandionigi, Anna; Rizzi, Ermanno; Bernasconi, Marzia; Vicario, Saverio; Galimberti, Andrea; Cocuzza, Clementina; Labra, Massimo; Casiraghi, Maurizio

Exploring the under-investigated "microbial dark matter" of drinking water treatment plants

(2017) in Scientific reports (Nature Publishing Group)
De Fanti, Sara; Vicario, Saverio; Lang, Martin; Simone, Domenico; Magli, Cristina; Luiselli, Donata; Gianaroli, Luca; Romeo, Giovanni

Intra-individual purifying selection on mitochondrial DNA variants during human oogenesis.

(2017) in Human reproduction (Oxf., Online)
Matthias Obst 1, Saverio Vicario 2 , Kennet Lundin 3, Matz Berggren 1, Anna Karlsson 4, Robert Haines 5, Alan Williams 5, Carole Goble 5, Cherian Mathew 6, Anton Güntsch 6,

Marine long-term biodiversity assessment suggests loss of rare species in the Skagerrak and Kattegat region

(2017) in Marine biodiversity (Internet)
Benazzo, Andrea; Trucchi, Emiliano; Cahill, James A; Maisano Delser, Pierpaolo; Mona, Stefano; Fumagalli, Matteo; Bunnefeld, Lynsey; Cornetti, Luca; Ghirotto, Silvia; Girardi, Matteo; Ometto, Lino; Panziera, Alex; Rota-Stabelli, Omar; Zanetti, Enrico; Karamanlidis, Alexandros; Groff, Claudio; Paule, Ladislav; Gentile, Leonardo; Vila, Carles; Vicario, Saverio; Boitani, Luigi; Orlando, Ludovic; Fuselli, Silvia; Vernesi, Cristiano; Shapiro, Beth; Ciucci, Paolo; Bertorelle, Giorgio

Survival and divergence in a small group: The extraordinary genomic history of the endangered Apennine brown bear stragglers.

(2017) in Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
Vicario S, Mosca N, Renò V, Bruno A, Sandionigi A, Casiraghi M

Algebra of biodiversity: revising PhyloH as tool to represent change in communities with a special focus on HTC data

(2016) BITS 2016 13th Annual Meeting of the Bioinformatics Italian Society, 2016
Hardisty, Alex R. and Bacall, Finn and Beard, Niall and Balc'azar-Vargas, Maria-Paula and Balech, Bachir and Barcza, Zolt'an and Bourlat, Sarah J. and De Giovanni, Renato and de Jong, Yde and De Leo, Francesca and Dobor, Laura and Donvito, Giacinto and Fellows, Donal and Guerra, Antonio Fernandez and Ferreira, Nuno and Fetyukova, Yuliya and Fosso, Bruno and Giddy, Jonathan and Goble, Carole and G"untsch, Anton and Haines, Robert and Ernst, Vera Hern'andez and Hettling, Hannes and Hidy, D'ora and Horv'ath, Ferenc and Ittz'es, D'ora and Ittz'es, P'eter and Jones, Andrew and Kottmann, Renzo and Kulawik, Robert and Leidenberger, Sonja and Lyytik"ainen-Saarenmaa, P"aivi and Mathew, Cherian and Morrison, Norman and Nenadic, Aleksandra and de la Hidalga, Abraham Nieva and Obst, Matthias and Oostermeijer, Gerard and Paymal, Elisabeth and Pesole, Graziano and Pinto, Salvatore and Poign'e, Axel and Fernandez, Francisco Quevedo and Santamaria, Monica and Saarenmaa, Hannu and Sipos, Gergely and Sy...

BioVeL: a virtual laboratory for data analysis and modelling in biodiversity science and ecology

(2016) in BMC ecology (Online)
F. Lovergine (1), C. Tarantino (1), A. D'Addabbo (1), M. Adamo (1), G. Satalino (1), A. Refice (1), P. Blonda (1), S. Vicario (2)

Experiencing WPS services in several application domains: opportunities and challenges

F. Lovergine (1), C. Tarantino (1), A. D'Addabbo (1), M. Adamo (1), G. Satalino (1), A. Refice (1), (2016) 3rd edition of the ESSI EGU 3.4 "Open access to Research Data and Public Sector Information", Vienna, 17-22/04/2016
Balech, Bachir; Vicario, Saverio; Donvito, Giacinto; Monaco, Alfonso; Notarangelo, Pasquale; Pesole, Graziano

MSA-PAD: DNA multiple sequence alignment framework based on PFAM accessed domain information

(2015) in Bioinformatics (Oxf., Print)
Saverio Vicario, Francesco Paolo Lovergine, Giacinto Donvito, Bachir Balech, Anna Sandionigi, Palma Blonda

Visualization and data exploration of Community Biodiversity in a phylo-geospatial context

(2015) NETTAB & IB, Bari, 2015
Mathew, Cherian; Guntsch, Anton; Obst, Matthias; Vicario, Saverio; Haines, Robert; Williams, Alan R; de Jong, Yde; Goble, Carole

A semi-automated workflow for biodiversity data retrieval, cleaning, and quality control.

(2014) in Biodiversity Data Journal (Online)
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