@prefix pubblicazioni: . @prefix unitaDiPersonaleInterno: . @prefix prodotto: . unitaDiPersonaleInterno:MATRICOLA2166 pubblicazioni:autoreCNRDi prodotto:ID7496 . unitaDiPersonaleInterno:MATRICOLA5315 pubblicazioni:autoreCNRDi prodotto:ID7496 . @prefix prodottidellaricerca: . @prefix istituto: . istituto:CDS003 prodottidellaricerca:prodotto prodotto:ID7496 . @prefix modulo: . modulo:ID2110 prodottidellaricerca:prodotto prodotto:ID7496 . modulo:ID2108 prodottidellaricerca:prodotto prodotto:ID7496 . @prefix rdf: . prodotto:ID7496 rdf:type prodotto:TIPO1101 . @prefix retescientifica: . prodotto:ID7496 rdf:type retescientifica:ProdottoDellaRicerca . @prefix rdfs: . prodotto:ID7496 rdfs:label "Logic Based Methods for SNPs Tagging and Reconstruction (Articolo in rivista)"@en . @prefix xsd: . prodotto:ID7496 pubblicazioni:anno "2010-01-01T00:00:00+01:00"^^xsd:gYear ; pubblicazioni:doi "10.1016/j.cor.2009.10.008"^^xsd:string . @prefix skos: . prodotto:ID7496 skos:altLabel "
P. Bertolazzi, G. Felici, P. Festa, (2010)
Logic Based Methods for SNPs Tagging and Reconstruction
in Computers & operations research
"^^rdf:HTML ; pubblicazioni:autori "P. Bertolazzi, G. Felici, P. Festa,"^^xsd:string ; pubblicazioni:paginaInizio "1419"^^xsd:string ; pubblicazioni:paginaFine "1426"^^xsd:string ; pubblicazioni:numeroVolume "37"^^xsd:string . @prefix ns11: . prodotto:ID7496 pubblicazioni:rivista ns11:ID337218 ; pubblicazioni:pagineTotali "8"^^xsd:string ; pubblicazioni:numeroFascicolo "8"^^xsd:string ; skos:note "ISI Web of Science (WOS)"^^xsd:string , "Mathematical Reviews on the web (MathSciNet)"^^xsd:string , "Scopu"^^xsd:string ; pubblicazioni:affiliazioni "Paola Bertolazzi, Giovanni Felici, Istituto di Analisi dei Sistemi ed Informatica \\\"Antonio Ruberti\\\" del CNR, Viale Manzoni 30, 00185 Rome, Italy\nPaola Festa, Dipartimento di Matematica e Applicazioni \\\"R. Caccioppoli\\\", Universit\u00E0 degli Studi di Napoli FEDERICO II, Compl. MSA, Via Cintia, 80126 Napoli, Italy"^^xsd:string ; pubblicazioni:titolo "Logic Based Methods for SNPs Tagging and Reconstruction"^^xsd:string ; prodottidellaricerca:abstract "SNPs are positions of the DNA sequences where the differences among individuals are embedded. The knowledge of such SNPs is crucial for disease association studies, but even if the number of such positions is low (about 1% of the entire sequence), the cost to extract the complete information is actually very high. Recent studies have shown that DNA sequences are structured into blocks of positions, that are conserved during evolution, where there is strong correlation among values (alleles) of different loci. To reduce the cost of extracting SNPs information, the block structure of the DNA has suggested to limit the process to a subset of SNPs, the so-called Tag SNPs, that are able to maintain the most of the information contained in the whole sequence. In this paper, we apply a technique for feature selection based on integer programming to the problem of Tag SNP selection. Moreover, to test the quality of our approach, we consider also the problem of SNPs reconstruction, i.e. the problem of deriving unknown SNPs from the value of Tag SNPs and propose two reconstruction methods, one based on a majority vote and the other on a machine learning approach. We test our algorithm on two public data sets of different nature, providing results that are, when comparable, in line with the related literature. One of the interesting aspects of the proposed method is to be found in its capability to deal simultaneously with very large SNPs sets, and, in addition, to provide highly informative reconstruction rules in the form of logic formulas."@en ; prodottidellaricerca:prodottoDi modulo:ID2110 , modulo:ID2108 , istituto:CDS003 ; pubblicazioni:autoreCNR unitaDiPersonaleInterno:MATRICOLA5315 , unitaDiPersonaleInterno:MATRICOLA2166 . @prefix parolechiave: . prodotto:ID7496 parolechiave:insiemeDiParoleChiave . ns11:ID337218 pubblicazioni:rivistaDi prodotto:ID7496 . parolechiave:insiemeDiParoleChiaveDi prodotto:ID7496 .