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D'Antonio, Mattia; Castrgnan\u00F2, Tiziana; Pallocca, Matteo; D'Erchia, Anna Maria; Picardi, Ernesto; Pesole, Graziano (2015)
ASPicDB: A database web tool for alternative splicing analysis
in Methods in molecular biology (Clifton N.J.)
"^^rdf:HTML ; pubblicazioni:autori "D'Antonio, Mattia; Castrgnan\u00F2, Tiziana; Pallocca, Matteo; D'Erchia, Anna Maria; Picardi, Ernesto; Pesole, Graziano"^^xsd:string ; pubblicazioni:paginaInizio "365"^^xsd:string ; pubblicazioni:paginaFine "378"^^xsd:string ; pubblicazioni:url "http://www.scopus.com/record/display.url?eid=2-s2.0-84921780292&origin=inward"^^xsd:string ; pubblicazioni:numeroVolume "1269"^^xsd:string . @prefix ns11: . prodotto:ID318637 pubblicazioni:rivista ns11:ID460949 ; skos:note "Scopu"^^xsd:string ; pubblicazioni:affiliazioni "D'Antonio, Mattia; Castrgnan\u00F2, Tiziana; Pallocca, Matteo; CINECA, Roma\nD'Erchia, Anna Maria; Picardi, Ernesto; Pesole, Graziano; Istituto di Biomembrane e Bioenergetica, Bari"^^xsd:string ; pubblicazioni:titolo "ASPicDB: A database web tool for alternative splicing analysis"^^xsd:string ; prodottidellaricerca:abstract "Alternative splicing (AS) is a basic molecular phenomenon that increases the functional complexity of higher eukaryotic transcriptomes. Indeed, through AS individual gene loci can generate multiple RNAs from the same pre-mRNA. AS has been investigated in a variety of clinical and pathological studies, such as the transcriptome regulation in cancer. In human, recent works based on massive RNA sequencing indicate that >95 % of pre-mRNAs are processed to yield multiple transcripts. Given the biological relevance of AS, several computational efforts have been done leading to the implementation of novel algorithms and specifi c specialized databases. Here we describe the web application ASPicDB that allows the recovery of detailed biological information about the splicing mechanism. ASPicDB provides powerful querying systems to interrogate AS events at gene, transcript, and protein levels. Finally, ASPicDB includes web visualization instruments to browse and export results for further off-line analyses."@en ; prodottidellaricerca:prodottoDi istituto:CDS015 , modulo:ID9174 ; pubblicazioni:autoreCNR unitaDiPersonaleInterno:MATRICOLA11661 . @prefix parolechiave: . prodotto:ID318637 parolechiave:insiemeDiParoleChiave . ns11:ID460949 pubblicazioni:rivistaDi prodotto:ID318637 . parolechiave:insiemeDiParoleChiaveDi prodotto:ID318637 .