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Daniele D'Agostino; Sergio Decherchi; Antonella Galizia; Jos\u00E8 Colmenares;\nAlfonso Quarati; Walter Rocchia; Andrea Clematis (2012)
CUDA Accelerated Blobby Molecular Surface Generation
in 9th International Conference on Parallel Processing and Applied Mathematics, PPAM 2011, Torun, Poland, 11-14 September 2011
"^^rdf:HTML ; pubblicazioni:autori "Daniele D'Agostino; Sergio Decherchi; Antonella Galizia; Jos\u00E8 Colmenares;\nAlfonso Quarati; Walter Rocchia; Andrea Clematis"^^xsd:string ; pubblicazioni:paginaInizio "347"^^xsd:string ; pubblicazioni:paginaFine "356"^^xsd:string ; pubblicazioni:url "http://link.springer.com/chapter/10.1007%2F978-3-642-31464-3_35"^^xsd:string ; pubblicazioni:titoloVolume "PPAM 2011, Part I"^^xsd:string ; pubblicazioni:volumeInCollana "7203"^^xsd:string ; skos:note "Scopus"^^xsd:string , "Google Scholar"^^xsd:string ; pubblicazioni:affiliazioni "Institute for Applied Mathematics and Information Technologies, National Research Council of Italy, Genoa, Italy\nDepartment of Drug Discovery and Development, Italian Institute of Technology Genoa, Italy"^^xsd:string ; pubblicazioni:titolo "CUDA Accelerated Blobby Molecular Surface Generation"^^xsd:string ; pubblicazioni:curatoriVolume "R. Wyrzykowski et al."^^xsd:string ; prodottidellaricerca:abstract "A proper and efficient representation of molecular surfaces\nis an important issue in biophysics from several view points. Molecular\nsurfaces indeed are used for different aims, in particular for visualization,\nas support tools for biologists, computation, in electrostatics problems\ninvolving implicit solvents (e.g. while solving the Poisson-Boltzmann\nequation) or for molecular dynamics simulations. This problem has been\nrecognized in the literature, resulting in a multitude of algorithms that\ndiffer on the basis of the adopted representation and the approach/\ntechnology used. Among several molecular surface definitions, the Blobby\nsurface is particularly appealing from the computational and the graphics\npoint of view. In the paper we describe an efficient software component\nable to produce high-resolution Blobby surfaces for very large molecules\nusing the CUDA architecture. Experimental results show a speedup of\n35.4 considering a molecule of 90,898 atoms and a resulting mesh of 168\nmillion triangles."@en . @prefix ns11: . prodotto:ID190879 pubblicazioni:editore ns11:ID11957 ; prodottidellaricerca:prodottoDi modulo:ID4145 , istituto:CDS050 ; pubblicazioni:autoreCNR unitaDiPersonaleInterno:MATRICOLA29135 , unitaDiPersonaleInterno:MATRICOLA5248 , unitaDiPersonaleInterno:MATRICOLA9691 , unitaDiPersonaleInterno:MATRICOLA14311 . @prefix parolechiave: . prodotto:ID190879 parolechiave:insiemeDiParoleChiave . ns11:ID11957 pubblicazioni:editoreDi prodotto:ID190879 . parolechiave:insiemeDiParoleChiaveDi prodotto:ID190879 .