La rete scientifica del CNR è composta dai dipartimenti, con compiti di programmazione coordinamento e controllo, dagli istituti, presso i quali si svolgono le attività di ricerca e, limitatamente a singoli progetti a tempo definito, da unità di ricerca presso terzi.
Il CNR ha tra i suoi compiti istituzionali quello di svolgere attività di ricerca con obiettivi di eccellenza e rilevanza strategica sia in ambito nazionale che internazionale, operando attraverso propri istituti di ricerca.
La rete di ricerca del CNR ha subito, nel corso degli ultimi anni, un processo di riorganizzazione attraverso accorpamenti e dismissioni. Nel 1999 operavano 314 organi di ricerca tra Istituti e Centri (si trattava di strutture di ricerca che operavano all'interno delle Università ed in sinergia con esse). Il processo di riorganizzazione e la successiva entrata in vigore del decreto legislativo di riordino del CNR nel giugno 2003, hanno dato luogo alla creazione di 110 istituti, suddivisi in sedi principali e articolazioni territoriali.

La ripartizione geografica delle sedi degli istituti risulta essere così distribuita:

• 31 istituti al nord
• 45 istituti al centro
• 31 istituti al sud

Dipartimenti          Elenco istituti