I dipartimenti sono le unità organizzative, definite in ragione delle diverse macro aree di ricerca scientifica e tecnologica in cui è strutturato l'Ente, con compiti di programmazione, coordinamento e controllo dei risultati. Essi sono articolati in progetti di ricerca individuati per classi di obiettivi omogenei. I progetti svolgono funzioni di committenza per il segmento di attività di ricerca di rispettiva competenza. Attraverso i progetti vengono esplicitati gli elementi caratterizzanti la domanda di ricerca, in termini colloquiali viene mostrato "dove vogliamo arrivare".

Terra e Ambiente (TA)

Energia e Trasporti (ET)

Agroalimentare (AG)

Medicina (ME)

Scienze della Vita (SV)

Progettazione Molecolare (PM)

Materiali e Dispositivi (MD)

Sistemi di Produzione (SP)

ICT (ICT)

Identità Culturale (IC)

Patrimonio Culturale (PC)